No final do século XVIII, um grupo de degredados em fuga, vindo de Itu, passando por uma colina na margem do rio, resolveu parar alguns dias e, por ter encontrado um local bom e agradável, ali permaneceu. Era o ano de 1800 e nessa colina existiam muitas capivaras, por isso a pequena povoação mais tarde recebeu o nome de Capivarí.

No dia 5 de junho de 1820, o pequeno povoado possuía grande número de casas e uma capelinha, onde foi celebrada a missa pelo seu primeiro sacerdote, o padre João Jacinto dos Serafins. São João Batista foi escolhido para padroeiro do povoado.

Em 11 de outubro de 1826, o imperador D. Pedro I elevou a capela a freguesia com o nome de São João Batista de Capivari de Baixo, do município de Porto Feliz e, em 10 de julho de 1832, foi oficialmente criada a vila de São João Batista da Capivari de Baixo (dizia-se “de Baixo” para distinguir do Capivari de Cima, povoação vizinha, hoje Monte Mor).

Com a elevação à categoria de vila, começou o desenvolvimento econômico de Capivari: o comércio e a indústria cresceram, houve a abertura de fazendas de café, de algodão e, principalmente, as de cana-de-açúcar.

Em 20 de dezembro de 1905 o nome foi alterado para Capivari.